| No. | NAMA PESANTREN | ALAMAT | KELURAHAN | KECAMATAN |
| 1 | Darul Mukhlishin | Jomblang, Mulyodadi, Bambanglipuro, Bantul | Mulyodadi | Bambang Lipuro |
| 2 | ASY SYIFA' | Jogodayoh | Sumbermulyo | Bambang Lipuro |
| 3 | Azzakiyyah | Gedogan RT 05 | Sumbermulyo | Bambang Lipuro |
| 4 | Al Mumtaz | Pranti Wonocatur | Banguntapan | Banguntapan |
| 5 | Al Muthi`in | Maguwo | Banguntapan | Banguntapan |
| 6 | Darul Mushlihin | Jurugentong No. 21 Rt 08 | Banguntapan | Banguntapan |
| 7 | Ma'had Mafaza | Jl. Wonosari KM 4.5 Ketandan Banguntapan | Banguntapan | Banguntapan |
| 8 | PP. Terpadu Abu Bakar Ash-Shidiq | Jomblangan Banguntapan Bantul | Banguntapan | Banguntapan |
| 9 | Yatim Dhuafa Madania | Tegaltandan Wonocatur | Banguntapan | Banguntapan |
| 10 | Inggris Inovasi Bangsa | Jl. Pelem Kidul No. 188 RT 06, Pelem | Baturetno | Banguntapan |
| 11 | Aqwamu Qila | Jl. Pulang Geni No. 9 Grojogan RT 01 | Tamanan | Banguntapan |
| 12 | HARUN ASY-SYAFI'I PUTRI | Jatiarang RT 01 Sokowaten | Tamanan | Banguntapan |
| 13 | Nurul Ummah 3 | Bladan Baru RT.006 | Tamanan | Banguntapan |
| 14 | Lsq Ar Rahmah | Botokenceng RT06 | Wirokerten | Banguntapan |
| 15 | PESANTREN MAHASISWA STIKES SURYA GLOBAL | Jl.Ringroad selatan, Mutihan rt 01 | Wirokerten | Banguntapan |
| 16 | Qurrota A`yun | Kauman Babadan Banguntapan | Wirokerten | Banguntapan |
| 17 | Syaikh Jamilurrahman As Salafy | Glondong | Wirokerten | Banguntapan |
| 18 | Tahfidzul Quran Dan Study Islam Al-mi'roj Yogyakarta | Kepuh Wetan RT 04 | Wirokerten | Banguntapan |
| 19 | Hidayatul Falaah | Jl. Urip Sumoharjo 19 Bejen | Bantul | Bantul |
| 20 | Muhammadiyah Boarding School | Jl. Urip Sumoharjo Badegan | Bantul | Bantul |
| 21 | Al Anwar | Bolon | Palbapang | Bantul |
| 22 | Al Istiqomah | Tajeman Palbapang | Palbapang | Bantul |
| 23 | Hidayatul Mubtadi-ien | Tajeman, Dk. Peni | Palbapang | Bantul |
| 24 | Bilingual Hidayatul Mubtadi-ien | Karangmojo RT 2, | Ringin Harjo | Bantul |
| 25 | MANNALLOH | GEMAHAN RT 01 | Ringin Harjo | Bantul |
| 26 | Nur HIkmah | Bogoran | Trirenggo | Bantul |
| 27 | Nurul Jannah | Kediwung | Mangunan | Dlingo |
| 28 | Darussunnah Al Khoiriyah | Tangkil Rt 06 | Muntuk | Dlingo |
| 29 | Miftahul Huda | Banjarharjo I | Muntuk | Dlingo |
| 30 | Nurul Iman Al Banjari | Banjarharjo 2 | Muntuk | Dlingo |
| 31 | Nurul Yaqin | Tlogo Rt 03 Kebunagung | Kebunagung | Imogiri |
| 32 | Abdul Alim Muhammadiyah | Pundung | Wukirsari | Imogiri |
| 33 | Al Muna | Giriloyo | Wukirsari | Imogiri |
| 34 | Ar Rahmah | Tilaman | Wukirsari | Imogiri |
| 35 | Ar Ramli | Giriloyo | Wukirsari | Imogiri |
| 36 | Ukhwatun Hasanah | Ngibikan Canden | Canden | Jetis |
| 37 | Al-Mustadiiroh | Jl. Parangtritis Km 16,5 | Patalan | Jetis |
| 38 | Ar Rahmah | Beji | Sumberagung | Jetis |
| 39 | Nur Aisyah | Barongan RT01, | Sumberagung | Jetis |
| 40 | Allubab | Jl. Tugu Gentong, Lemahbang, RT. 01 | Bangunjiwo | Kasihan |
| 41 | Mbangunjiwo | Lemahdadi Kidul Rt 02 | Bangunjiwo | Kasihan |
| 42 | PESANTREN PELAJAR AL HADI II | Mejing, Kalirandu, Bangunjiwo | Bangunjiwo | Kasihan |
| 43 | Mahasiswa Alma Ata | Tempuran | Tamantirto | Kasihan |
| 44 | Pondok Pesantren Salafiyah Al Masruroh | Tlogo Rt 05 Tamantirto Kasihan Bantul | Tamantirto | Kasihan |
| 45 | Nurul Ulum | Tegalsari | Donotirto | Kretek |
| 46 | Rohmatul Umam | Jl,Parangtritis Km.22, Tegalsari, Gg.Sidat | Donotirto | Kretek |
| 47 | Adh Dhuha | Bungsing | Guwosari | Pajangan |
| 48 | Al Imdad II | Kedung | Guwosari | Pajangan |
| 49 | Janki Dausat | Gandekan RT 2 Guwosari Pajangan Bantul 55751 | Guwosari | Pajangan |
| 50 | KH. Hasan Besari | Kedung RT 001, Guwosari, Pajangan, Bantul | Guwosari | Pajangan |
| 51 | Syafa`atul Qur`an | Iroyudan | Guwosari | Pajangan |
| 52 | BAITUL KILMAH | Kayen RT 04 | Sendangsari | Pajangan |
| 53 | Riyadhul Qu`ran | Kadireso | Triwidadi | Pajangan |
| 54 | Al Imdad | Kauman rt 01 | Wijirejo | Pandak |
| 55 | Harapan Ar Risalah | Jl Makam Sewu Ngeblak | Wijirejo | Pandak |
| 56 | Miftachuddin | KARANG KAUMAN WIJIREJO PANDAK BANTUL DIY | Wijirejo | Pandak |
| 57 | Ibnul Qoyyim Putra | Tegalyoso | Sitimulyo | Piyungan |
| 58 | Islamic Centre Bin Baz | Karanggayam | Sitimulyo | Piyungan |
| 59 | Lintang Songo | Pagergunung | Sitimulyo | Piyungan |
| 60 | Cokro Handono | Mutihan | Srimartani | Piyungan |
| 61 | Manzilus Sakinah | Wanujoyo Lor | Srimartani | Piyungan |
| 62 | Sananul Ula | Daraman, Srimartani, Piyungan, Bantul | Srimartani | Piyungan |
| 63 | Pondok Budaya Pesantren Kaliopak | Jl. Wonosari KM 11.5, rt/rw 04/00 Klenggotan | Srimulyo | Piyungan |
| 64 | Umar Bin Khotthob | Klenggotan Rt 08 Rw 03 | Srimulyo | Piyungan |
| 65 | Al Izzah | Bedukan | Pleret | Pleret |
| 66 | An Ni'mah | Kanggotan Rt 09 Pleret | Pleret | Pleret |
| 67 | Muhammadiyah Boarding School Pleret | Komplek Masjid Taqorrub Kanggotan | Pleret | Pleret |
| 68 | Nahdlatusy Syubban | Kanggotan Pleret | Pleret | Pleret |
| 69 | Nahdlatusy Syubban 2 | Kanggotan Lor RT 005, Pleret, Pleret, Bantul | Pleret | Pleret |
| 70 | Roudlotul Fatihah | Tambalan Pleret | Pleret | Pleret |
| 71 | Ar Ridlo | Bawuran 2 Rt 02 | Segoroyoso | Pleret |
| 72 | Al Fithroh | Jejeran | Wonokromo | Pleret |
| 73 | Al Futuh | Pandes Wonokromo | Wonokromo | Pleret |
| 74 | Al Mahalli | Brajan | Wonokromo | Pleret |
| 75 | Al Wahbi | Wonokromo II | Wonokromo | Pleret |
| 76 | Amumarta | Jl. KH. Nawawi No. 1, Jejeran 1 RT 005. | Wonokromo | Pleret |
| 77 | Assu`ada | Wonokromo II | Wonokromo | Pleret |
| 78 | At-Taabbud | Jl. Imogiri Timur KM 10, Wonokromo 1 Rt 1 Rw1 | Wonokromo | Pleret |
| 79 | Baiquniyyah | Jejeran Wonokromo | Wonokromo | Pleret |
| 80 | Darul Qur`an Al Imam | Wonokromo I | Wonokromo | Pleret |
| 81 | Fadlun Minalloh | Wonokromo I | Wonokromo | Pleret |
| 82 | Miftahul Ulum II | Jejeran | Wonokromo | Pleret |
| 83 | Pondok Bodho Al Abyan | Wonokromo II Wonokromo | Wonokromo | Pleret |
| 84 | Pondok Pesantren Nurul Qur'an HDWR | Brajan, Rt 07, Wonokromo, Pleret, Bantul | Wonokromo | Pleret |
| 85 | Binaul Ummah | Ploso | Wonolelo | Pleret |
| 86 | Wali Songo | Gebang Guyangan | Wonolelo | Pleret |
| 87 | Darul Fatihah | Gulon Rt 04 | Srihardono | Pundong |
| 88 | Hamalatul Qur'an | Wonoroto RT 04 | Gadingsari | Sanden |
| 89 | Al Furqon | Bongoskenti Rt 03 | Murtigading | Sanden |
| 90 | Fadhlillah | Kadibeso RT 084 | Argodadi | Sedayu |
| 91 | Ummul Muta'allimin | Jambon | Argosari | Sedayu |
| 92 | Ma'had Ar Ridha Al Islami | Tarudan RT 09, | Bangunharjo | Sewon |
| 93 | PONDOK PESANTREN DAARUL FIRDAUS | Jl. Gatot Subroto Ngoto | Bangunharjo | Sewon |
| 94 | Aji Mahasiswa Al Muhsin | Krapyak Wetan | Panggungharjo | Sewon |
| 95 | Al Busyro | Krapyak Kulon | Panggungharjo | Sewon |
| 96 | Al Fatimiyah Putri | Jln KH Ali Maksum, Krapyak, Bantul DIY | Panggungharjo | Sewon |
| 97 | Al Kandiyas | Krapyak Kulon | Panggungharjo | Sewon |
| 98 | Al Masyhuriyah | Krapyak Kulon | Panggungharjo | Sewon |
| 99 | Al Munawwir | Jl KH Ali Maksum, Tromol Pos 5, Krapyak | Panggungharjo | Sewon |
| 100 | Al Qodiriyah | Krapyak Kulon | Panggungharjo | Sewon |
| 101 | Asrama Tamansantri Pondok Pesantren Krapyak | Gg. Mawar, Jl. KH. Ali Maksum, Krapyak Kulon | Panggungharjo | Sewon |
| 102 | Asy Syatibi | Krapyak Kulon | Panggungharjo | Sewon |
| 103 | Baitul Hikmah | Krapyak Kulon | Panggungharjo | Sewon |
| 104 | Bayt Tahfidz An-Nafisa | Jl. KH. Ali Maksum no 378 Krapyak | Panggungharjo | Sewon |
| 105 | Darul Muhaimin | Krapyak Kulon | Panggungharjo | Sewon |
| 106 | El Muna Q | Krapyak Kulon | Panggungharjo | Sewon |
| 107 | Krapyak Yayasan Ali Maksum Yogyakarta | Jl. KH. Ali Maksum, Krapyak Kulon | Panggungharjo | Sewon |
| 108 | Kutub Hasyim Asyari | Jl. Parangtritis KM 07, RT. 02, Cabean | Panggungharjo | Sewon |
| 109 | Nurussalam | Jalan KH. Ali Maksum No 381 Krapyak Kulon | Panggungharjo | Sewon |
| 110 | Pesantren Mahasiswa Al-Hadi Yogyakarta | Krapyak Wetan, Panggungharjo, Sewon | Panggungharjo | Sewon |
| 111 | Pondok Pesantran Arafah | Krapyak Kulon RT 05 | Panggungharjo | Sewon |
| 112 | Pondok Pesantren Ali Maksum | JL. KH. ALI MAKSUM, KRAPYAK KULON | Panggungharjo | Sewon |
| 113 | PONDOK PESANTREN ANAK AL-HADI YOGYAKARTA | Krapyak Wetan | Panggungharjo | Sewon |
| 114 | Pondok Pesantren Krapyak Asrama Santri Mulya | Jl. Dongkelan, RT 08, Dongkelan | Panggungharjo | Sewon |
| 115 | Pondok Pesantren Tahfidzul Qur'an Al-Hadi Komplek Al-Hamra' | Krapyak Wetan | Panggungharjo | Sewon |
| 116 | Putra Anak Al Munawwir | Jl, KH. Ali Maksum Krapyak | Panggungharjo | Sewon |
| 117 | Ummu Sa'adah | Jl. Krapyak Wetan No. 161 A, RT. 05 | Panggungharjo | Sewon |
| 118 | Al Anwar | Ngrukem | Pendowoharjo | Sewon |
| 119 | An Nur | Jl. KH Nawawi Abdul Aziz Ngrukem | Pendowoharjo | Sewon |
| 120 | Daaru Aytam Baitussalam | Miri | Pendowoharjo | Sewon |
| 121 | Nurul Anwar | Sawahan | Pendowoharjo | Sewon |
| 122 | Universitas Nahdlatul Ulama (UNU) | Jl. Bantul KM 09, Karanggede | Pendowoharjo | Sewon |
| 123 | Al Fataa | Dukuhan Timbulharjo | Timbulharjo | Sewon |
| 124 | Nurul Iman | Sorogenen Timbulharjo | Timbulharjo | Sewon |
| 125 | Al Baidlowi | Godegan Trimurti | Trimurti | Srandakan |
| 126 | Ar Rahmah | Kedungbule | Trimurti | Srandakan |
